1、重要水生動物種質資源研究
研究水生動物種質資源的檢測、評價和種質保存技術；進行生物多樣性的評價及經濟性狀的遺傳基礎研究和遺傳物質功能研究；研究在群體、個體、細胞及分子水平保存水生動物種質資源的技術途徑，完善天然水域和人工低溫種質資源庫和種質資源數據庫，為水生動物資源保存、保護和利用提供科學依據。
2、水產生物技術
進行水產生物技術應用基礎和應用研究；水產生物基因工程育種研究，進行水產養殖動物生長、發育、生殖及抗病相關功能基因的篩選、分離與克隆技術研究，運用轉基因技術，獲得高產、優質、抗逆的轉基因水產養殖動物；進行水產生物的細胞學和細胞工程育種研究，進行魚類細胞培養、細胞融合和核移植、雌雄核發育和性別控制、克隆技術、魚類的遠緣雜交等研究
