1、漁業環境質量檢測
漁業生態環境監測、預警和診斷技術，污染生態學和環境安全評價技術，健康養殖和退化水域生態系統重建與修復技術，濕地生態系統保護技術，漁業生態環境質量的管理技術。
2、污染物毒理學及控制技術和生物修復
主要有魚類毒理學研究，內容涉及各種水體污染物、魚用藥物及其在水環境中經物理、化學和微生物降解后的次生產物對魚類的急性毒性、亞急性毒性、慢性毒性、生化毒性和遺傳毒性的影響。生物修復與環境微生物學：通過從自然環境中篩選出具有快速降解水環境污染物的高效有益菌種并進行復配，利用微生物的共基質代謝，通過微生物種群的特性和群落的結構與功能來改變水體環境中各種物質的存在形式和數量，從而引起與之相關聯的其它生物種群的變化，并通過生存競爭的方式來抑制病原生物的繁殖，對養殖生物機體內的微生態和養殖生物生存的水體生態系統進行全方位的生物修復，以達到健康養殖、生產綠色無公害水產品的最終目的。利用現代生物技術實現污染控制與污水資源化的研究：通過細胞融合、轉基因等技術構建具有多種優勢的富含蛋白質的生物細胞，在轉化污染物的同時生產單細胞蛋白。
3、水產品質量安全監控
重點研究水產生物的組織成份，對餌料營養物和添加物的消化、吸收及積累機制，對水中有毒物的滲透、吸收和積累過程進行研究；查明有害物質在組織中的分布以及與水產品質量相關成份的變化和質量下降的原因；研究快速檢測技術和質量評價技術，水產品質量標準制定等，為水產品質量監控提供科學依據。
