1、重大病害災變預警

漁業重大病害的病原生物學及流行病學研究：包括漁業重大病害的病原生物學、病理學、傳播途徑、發病機理及災變規律。

漁業重大病害的檢疫與災變的監測預警系統的技術基礎：建立重大病害快速診斷檢測技術、養殖生物健康和發病的生理生化指標檢驗技術、病害流行的關鍵性生態環境因子的檢測技術等。探討重大病害災變預警系統建立的技術架構。

2、控制技術研究

免疫防治技術研究和綠色生物漁藥研制：掌握養殖動物免疫學及免疫防治技術，開發綠色生物漁用藥物，進行我國漁藥的臨床檢驗及質量檢驗。

控制漁業病害大規模流行及災變的生態環境調控技術：掌握病害大規模流行及災變的生態環境條件，建立控制水產養殖生物病害大規模流行的生態環境調控技術。

漁業重大病害的綜合防治技術：建立漁業重大病害綜合防治和健康管理的配套技術體系，進行重大病害綜合防治的技術示范與推廣。

低殘留、無公害漁用藥物開發及安全用藥技術：建立適合水產動物的魚藥體系，研究高效、低毒、無公害的綠色藥物，在此基礎上，研究安全用藥技術，實現漁業可持續發展，確保水產品質量。